Le troisième évènement indirectement lié à l'histoire du jardin est le "sauvetage" du tombeau de François II Duc de Bretagne et de Marguerite de Foix. Ce chef-d'oeuvre de marbre blanc dù au ciseau de Michel Colomb est actuellement présenté intact à l'admiration des visiteurs de la cathédrale. Il a pourtant subi au moment de la révolution quelques péripéties qui ont failli nuire à son intégrité.

Les sans-culottes ont été fort peu respectueux de l'art religieux et ce patrimoine a grandement souffert des actes de vandalisme perpétrés à cette époque. Heureusement, soit par conviction politique, soit au nom de la foi, soit tout simplement par bon sens, quelques Nantais s'employèrent à protéger tableaux, sculptures et monuments. C'est ainsi que le tombeau de François II est en 1792 démonté et enterré près de la cour des noyers par le fermier exploitant l'enclos des Ursulines. Exhumé après la période troublée, le monument restera quelques années exposé aux intempéries afin de redonner au marbre sa blancheur. Ce sauvetage faillit n'être qu'un pis-aller quand Mathurin Crucy, architecte remarquable par ailleurs, veut sacrifier à la mode allégorique de l'époque et envisage de récupérer les statues qui ornent les quatre coins du tombeau pour en garnir le socle d'un monument dédié à Bonaparte. Heureusement, le projet n'aboutit pas et les mânes du duc et de son épouse peuvent enfin reposer en paix.