En ce début du XIXème siècle, le préfet Belleville a pleinement conscience de l'intérêt d'un vrai jardin botanique à Nantes compte-tenu à la fois de la vocation du port, mais aussi de la qualité des sols et surtout du climat. Le 26 Février 1806, il prend un arrêté définissant les limites du jardin botanique. Seule la partie Nord de l'enclos est consacrée à cette activité alors que la partie Sud est affermée. Le revenu constitue l'essentiel des moyens financiers dont dispose Hectot. Animé par la même foi que son prédécesseur, il continue patiemment à enrichir ses collections.

En 1807, le Préfet Decelles prend un nouvel arrêté confirmant la vocation du jardin et ses fonctions, notamment par rapport au Jardin des Plantes de Paris. Ce document est généralement considéré comme l'acte de naissance de l'établissement. Sur la lancée, Hectot obtient du préfet qu'un plan du jardin soit dressé selon ses indications. La tâche est confiée à l'architecte Ogée. Le tracé général est très régulier, composé de plates-bandes parallèles entourant un bassin central circulaire. Dans l'optique de l'ouverture au public, il est prévu de larges allées au grand désespoir d'Hectot qui critique la surface perdue pour la culture.

Au sein du Conseil Départemental, certains voient d'un mauvais oeil l'affectation du jardin à la botanique et souhaitent la constitution d'une pépinière. Pour les uns, cet établissement doit avoir une vocation forestière ; pour les autres, la pépinière doit être générale et consacrée à toutes les catégories d'arbres, particulièrement les fruitiers afin de les propager. Hectot obtient qu'une partie du jardin reste consacrée à la botanique, l'autre, la plus importante, servira à la production de plants forestiers qui seront vendus aux agriculteurs du département. Le produit des ventes viendra, comme le montant du fermage, améliorer les finances du jardin.