Alors qu'en 1790 le Jardin des Apothicaires compte encore plus de 600 espèces différentes, en 1795, il reste moins de 150 végétaux exotiques. A partir de cette époque, le Jardin des Apothicaires n'est plus consacré qu'à la production des simples les plus utiles aux officines. Progressivement phagocyté par l'urbanisme galopant, le Jardin devient ombreux et humide. La dernière visite officielle d'un maire a lieu en 1813 et malgré un regain d'activité d– au pharmacien Moisan vers 1843, la lente agonie se poursuit. La fin interviendra en 1877, date à laquelle la municipalité décide de récupérer le terrain dont elle était restée propriétaire. Les apothicaires devenus pharmaciens protestent vivement et essaient d'obtenir des compensations. Un procès s'ensuit et les pharmaciens le perdront. Paradoxe, l'avocat de la Ville dans cette affaire s'appelle Bonamy, c'est l'un des descendants de François Bonamy qui avait donné au Jardin ses plus belles heures de gloire.

Depuis, le temps a éliminé les derniers vestiges du vieux jardin. Seule une plaque Rue de Budapest rappelle aux passants l'emplacement de ce berceau de la botanique nantaise.

Pourtant, dans l'emprise de l'établissement, précisément dans la cour du Lycée Jules Verne, poussent des platanes et des tilleuls. Pourtant, depuis février 1988, un Magnolia grandiflora commémorant le troisième centenaire de la signature des lettres patentes par Louis XIV a été planté par les élèves du lycée. Pourtant, la vitrine d'un magasin de fleuriste égaye la Rue de Budapest. Ainsi, en dépit des oublis de l'histoire, il y a encore des arbres et des fleurs au Jardin des Apothicaires.