L'utile avec la culture maraichère ; Rabelais aurait, dit-on, vanté par la bouche de Gargantua la qualité des salades géantes de Saint-Sébastien ; l'agréable avec ces parterres Renaissance dont le tracé orne déjà les vieux plans de la cité.

Les faits deviennent plus explicites et la vocation maritime de la Ville s'affirme lorsqu'en 1550 Jean Nicot envoie à Nantes des feuilles de tabac et diverses plantes destinées à Catherine de Médicis.

Grâce aux archives des Apothicaires, on découvre que dès 1620 ceux-ci pensent à la création d'un Jardin des Plantes sur le modèle de Montpellier ou de Paris. Un premier terrain et des bâtiments sont achetés dans le quartier Saint-Léonard, mais le projet n'aboutit pas. En attendant, les apothicaires continuent à récolter les simples et à professer la botanique dans un certain nombre de jardins, de communautés religieuses ou de parcs privés. C'est ainsi qu'ils "herborisent" près de Graslin à la Cagassaie, à Pont-Gigand, au Parc de Launay, à la Carterie et aussi à la Mocardière. îl n'est pas sans intérêt de noter qu'une partie de cette dernière propriété se trouve incluse dans l'emprise du jardin actuel, ce qui donne à cette parcelle une vocation botanique antérieure à celle du Jardin des Apothicaires.

îl faut attendre 1688 pour que Louis XîV réponde enfin aux demandes pressantes des apothicaires et les autorise à créer leur Jardin Botanique, ceux-ci obtiennent des échevins la disposition d'un terrain situé en dehors de la ville au-delà des fossés près de la Motte Saint-Nicolas. Les chevaliers du Papegault s'y adonnent au tir à l'arc et à l'arbalète. Après de multiples démarches et en dépit de leurs protestations, ils doivent laisser la place. Les désirs du roi sont des ordres.

Le site du Jardin est constitué par une prairie en pente douce baignée dans sa partie basse par un ruisseau ; la surface est modeste, exactement 3.645 m2. On y accède par une petite rue tortueuse dont le tracé n'a pas changé depuis 3 siècles, l'actuelle Rue Paré. Les cultures commencent assez rapidement, mais il faut attendre 1700 pour que les apothicaires réunissent les sommes nécessaires à la construction de la chambre commune destinée à servir à la fois de salle de cours, de salle de réunions et de laboratoire.

Le projet est confié à l'architecte Roussel qui mène à bien l'opération pour une somme de 1.500 livres. La bâtisse, de 45 pieds sur 18, est pourvue d'une couverture d'ardoises flanquée d'une lucarne avec jambages à rouleaux. Elle est ornée au centre de deux blasons aux armes de France et de Bretagne. S'il n'existe pratiquement pas de documents graphiques sur le Jardin des Apothicaires, on sait cependant qu'en 1702 les plantes y sont classées selon la méthode de Joseph Pitton de Tournefort, précurseur de Linné.

A partir de 1703, Joseph Cigongne prend en main les destinées de l'établissement et, à ce titre, peut être considéré comme le premier directeur du jardin. Dès cette époque, les plantes arrivant d'outre-mer sont d'abord "rafraichies" puis acheminées vers la capitale. Par réciprocité, le Jardin des Plantes de Paris participe à l'enrichissement des collections nantaises.

En 1707, Louis XîV instaure les chaires de botanique. Pour enseigner cette science, le professeur est astreint à faire, par an, 2 démonstrations et 4 promenades (herborisations). Le premier chargé de cette mission, plus honorifique que lucrative, est Lefebvre des Ferronnières.

Les frais de fonctionnement du Jardin sont entièrement à la charge des apothicaires et certains membres de la corporation jugeant l'entreprise peu rentable rechignent à y investir leurs deniers. Faute de financements jusqu'en 1720, le Jardin va péricliter. Les herbes folles envahissent les plates-bandes et le vandalisme compromet le développement des plantes qui ont survécu jusque-là. îl faut trouver de l'argent et Cigongne multiplie les démarches pour bénéficier du monopole des coffres de marine, car cette activité est particulièrement lucrative compte-tenu du trafic portuaire. L'affaire est habilement préparée grâce à Boulduc, apothicaire du feu Roi et surtout grâce à Pierre Chirac, médecin du Régent et directeur du Jardin des Plantes de Paris. Mais le projet, déjà très contesté par certains apothicaires nantais, est surtout mal vu par les armateurs. L'un des plus influents, M. de Montaudouine, bien introduit à la Cour, manoeuvre de telle sorte que l'affaire échoue.

Seul résultat tangible de tant d'années d'efforts, le Jardin de Nantes est reconnu comme Jardin Royal, ce qui aboutit à l'ordonnance signée par Louis XV le 26 Mars 1726. Par celle-ci, le Roi ordonne aux capitaines de rapporter de leurs voyages toutes les plantes exotiques qui pourraient être utiles et de leur prodiguer les soins nécessaires pour qu'elles arrivent à bon port. "Réconfortées et consolidées" dans le Jardin de Nantes, elles devront ensuite être acheminées sur Paris. Ceci officialise et renforce la politique antérieure d'introduction.

Depuis 1720, le Jardin connait une période faste grâce à l'impulsion du Maire Gérard Mellier. Celui-ci dégage les moyens nécessaires pour développer l'établissement au nom de l'intérêt public. En quelques années, tout est transformé ; les échanges se multiplient avec les autres jardins botaniques et les capitaines s'emploient à ramener les plantes les plus rares, les plus précieuses. En 1728, à la mort de Mellier, le Jardin est alors à son apogée. îl va malheureusement connaitre une lente décrépitude qui durera jusqu'en 1737. En 1729, Des Ferronnières est remplacé par Bonaventure Richard Duplessis, gendre de Chirac. îl assure la fonction jusqu'en 1737. A cette date, François Bonamy est nommé professeur de botanique et directeur de l'établissement. Médecin de Barin de la Galissonnière, Bonamy jouit d'une fortune personnelle dont il n'hésite pas à user en faveur du Jardin. îl compense ainsi l'incurie des pouvoirs publics. La municipalité n'est cependant pas indifférente à la botanique et, dès 1761, elle envisage de créer un nouveau jardin ; celui-ci est projeté par l'architecte Ceineray sur la Motte Saint-André.

En 1764 grâce à un rameau ramené par un jeune apothicaire, le sieur Louvrier, Bonamy identifie le laurier tulipier ou Magnolia grandiflora planté vers 1731 à la Maillardière prés de Rezé par Darquistade, autre Maire de Nantes. Quelques années plus tard, avec l'aide du jardinier Moreau, Bonamy tente et réussit à plusieurs reprises des marcottes aériennes mais hélas, à chaque fois, celles-ci sont volées. La quatrième année, leur patience est enfin récompensée et les rejetons du fameux arbre contribueront, de parc en jardin, à affirmer la notoriété botanique de Nantes. Lorsque Bonamy cesse ses activités en 1780, c'est Armand Prudent Lemerle qui lui succède. Celui-ci sera à son tour remplacé par Lemeignen en Juillet 1788. On est à la veille de la Révolution, cette période agitée va marquer un tournant dans l'histoire des Jardins des Plantes de Nantes : pour le vieux Jardin tout d'abord qui manque d'être vendu comme bien national ; pour le jardin actuel dont la longue gestation commence.