Après avoir vérifié les aptitudes et les références des cinq candidats, le jury tranche en faveur de Jean-Marie Ecorchard. Celui-ci est nommé le 30 Mai 1836.

Le cours inaugural de botanique a lieu le 30 Juin. Devant un aréopage de qualité, Ecorchard présente les grandes lignes de son futur cours et fait l'apologie de la science du végétal. Habilement, il évoque les grandes heures de la botanique et de l'horticulture nantaise en rappelant les mérites et l'oeuvre de ceux qui y ont contribué : maires, docteurs, pharmaciens ou professionnels. Le texte, espérons le exaustif, du discours n'occupe pas moins de trois pleines pages dans le quotidien local "Le Breton".

Très vite en 1837, le Docteur Ecochard envisage la réorganisation de l'école de botanique et relance le fils de Noisette sur l'exécution de son contrat tant au point de vue de l'entretien du jardin que du programme de plantation. Dès Mars 1838, les choses s'enveniment entre les deux hommes si on en croit le ton d'un courrier adressé au jardinier en chef où il est reproché à celui-ci de sacrifier l'intérêt général à son intérêt particulier. Ecorchard va même demander à Noisette de se démettre de ses fonctions : "je suis las de vos promesses dont à peine une sur cent est mise à exécution". Cette situation est confirmée par une lettre du maire qui, après avoir sollicité l'avis d'Hectot, reproche à Noisette ses négligences ; il refuse de payer le montant des travaux supplémentaires réclamés par celui-ci.

Pour souligner le manque d'efficacité de Noisette, Ecorchard rappelle que grâce aux contacts qu'il a noués au cours d'un récent voyage, il a rapporté près de 1.800 plantes dont la valeur est supérieure à la somme affectée à l'adjudicataire.

Il profite de l'occasion pour souligner que les statuts du jardin de Nantes sont inadaptés et que dans les autres villes, que ce soit Rennes, Caen, Rouen, Orléans ou Paris, on évite tous les problèmes en confiant la direction du jardin au professeur de botanique.