Au cours d'une herborisation avec un groupe d'étudiants, il est piqué par une vipère. Plus préoccupé par sa démonstration que par sa propre santé, il tarde à faire cautériser la plaie. Quand il consent à se faire soigner, il est déjà trop tard. Après une longue agonie de près de trois mois, le Docteur Jean-Marie Ecorchard s'éteint le 17 Décembre 1882. Il sera enterré dans son pays natal à Lohéac en Ille-et-Vilaine.