En 1839, Ecorchard arrive à ses fins ; il sera nommé Directeur du jardin à partir du 1er Janvier 1840. Il multiplie les achats de végétaux destinés à enrichir le jardin : Magnolias grandiflora achetés à Mme Mouton. Un énorme Magnolia Yulan "quatre hommes ont été employés une journée entière à sa seule plantation" ; 12 variétés de camellias dont Camellia nanetensis et Camellia Mouton; 4 variétés de pivoines ; une collection de 202 variétés de chrysanthèmes ; enfin, une collection de roses acquise auprès de M. Vibert, le plus célèbre amateur de France. Fort de ses nouvelles responsabilités, Ecorchard reprend ses critiques sur la gestion de Noisette. "le jardinier en chef qui n'a pas mis les pieds au jardin depuis trois ans" ; "si la partie régulière est bien soignée, la partie pépinière ressemble à un pâturage".

Fin 1839, Dominique Noisette arrive à la fin de son contrat et confirme son départ. Désabusé, il fait part des illusions qu'il laisse à Nantes. Ecorchard intransigeant exige qu'avant de partir, il livre 700 plantes supplémentaires pour remplir ses engagements. Reprenant en main les destinées du jardin, Ecorchard préconise la nomination de jardiniers appointés par l'Administration comme cela se pratique dans toutes les autres grandes villes. Il faut rappeler qu'à Nantes ceux-ci étaient jusqu'alors payés par l'adjudicataire.

Le personnel nécessaire au fonctionnement du jardin d'après Ecorchard se compose comme suit :
- 1 Directeur professeur de botanique
- 1 Jardinier-chef
- 1 Jardinier en second
- 3 Chefs de carrés
- 3 Elèves jardiniers

Sur ces nouvelles bases, les travaux d'aménagement du jardin se poursuivent : construction d'un bassin rond et d'un bassin elliptique pour la culture des plantes aquatiques, construction d'une fontaine dédiée à l'"Horticulture". Par ailleurs, Ecorchard continue à réclamer la construction d'une petite serre. Celle-ci est décidée en 1840. Les travaux font l'objet d'une adjudication et sont attribués aux entrepreneurs Bellet et Halouis.

A partir de 1841, les gros travaux d'aménagement du jardin sont réalisés par des jardiniers municipaux sous la conduite de Viaud, jardinier-chef. L'équipe est parfois renforcée par la main-d'oeuvre à bon marché fournie par les aliénés de Saint-Jacques, ceci ne va pas sans problèmes ainsi que le prouve une note de l'administration des hospices. Les administrateurs se plaignent "que des femmes sans moeurs puissent communiquer avec les aliénés employés aux travaux de terrassement du Jardin des Plantes et aient échangé avec eux des propos licencieux et obscènes, capables d'exciter au plus haut point leur aliénation mentale".

Sur le plan général, la fréquentation du jardin donne des soucis au nouveau directeur "il n'y a pas que du beau monde, mais quantité d'enfants, de bonnes, de militaires et de femmes plus ou moins suspectes". Il demande que le commandant de la place détache un sergent et un caporal pour faire régner l'ordre et exiger la carte d'entrée.