La commission se compose de conseillers municipaux mais aussi de personnalités du monde de l'horticulture parmi lesquelles de nombreux représentants de la Société Nantaise d'Horticulture (dont Fellonneau, Hectot, Pesneau, Ursin, Musseau, Le Sant, Letourneux et Marion de Procé).

Dans un premier temps, une circulaire est envoyée aux jardins botaniques de différentes villes : Bordeaux, Lyon, Angers, Rennes, Rouen. Il s'agit de connaître pour chaque jardin la structure, les conditions d'entretien, le statut du directeur, les dépenses, la règlementation, etc. Dans un second temps, chaque membre doit fournir un mémoire présentant ses propres conceptions sur le sujet. Enfin, partant de ces documents, la commission établit un rapport de synthèse destiné à éclairer l'administration municipale.

De ce rapport en date du 4 Juin 1835, on peut extraire les principaux points suivants :- Contrat Noisette : celui-ci aurait pu être plus avantageux pour la ville mais la commission tient à "rendre hommage à l'action de Monsieur Noisette, l'actuel directeur ; son séjour à Nantes aura été le signal d'un élan inconnu parmi nos horticulteurs et nos pépiniéristes".
- Administration du jardin : la direction du jardin ne sera pas assurée par un directeur salarié, mais par une commission constituée d'un adjoint et de deux horticulteurs ou botanistes. La responsabilité du jardin proprement dit sera assurée par le jardinier-chef qui dispensera par ailleurs le cours de taille des arbres. Le professeur de botanique devra être âgé de moins de 40 ans ; il assurera des cours gratuits indépendamment des facultés de médecine et de pharmacie. Il devra par ailleurs établir un catalogue, constituer un herbier et réaliser une collection de graines et de fruits.
- La pépinière sera supprimée pour faire place à un jardin paysagiste ; seule une petite pépinière forestière pourra être conservée. En aucun cas il n'y aura de vente de produits, mais distribution de graines et greffons.
- Le jardin devra être équipé d'une orangerie puis plus tard d'une serre chaude et d'une serre tempérée.
- Avis défavorable pour la construction d'un labyrinthe difficile à surveiller.
- Ouverture du jardin : les horaires sont conservés mais le jardin  sera ouvert le dimanche matin ; il sera par contre fermé le lundi.
- La commission précise enfin que c'est pour éviter toute mésintelligence avec les employés du jardin que le professeur de botanique n'exercera pas les fonctions de directeur.
En Septembre, Noisette accepte le principe du nouveau contrat de jardinier en chef mais demande que le poste soit confié à son fils Dominique et que celui-ci conserve le bénéfice du logement de fonction.