Le second évènement historique notable dans l'histoire du Jardin se situe au 16ème siècle.

A cette époque où la justice est rapide et expéditive, 3 hommes accusés d'un crime sont pendus sans autre forme de procès. Quelque temps plus tard, trop tard, leur innocence est reconnue et, en réparation de cette déplorable erreur, une chapelle commémorative est édifiée à l'emplacement de l'entrée située Rue Frédéric Caillaud ; celle-ci portait autrefois le nom de Ruelle des 3 Pendus. Qui sait si ce tragique fait divers n'a pas fait le bonheur de quelque charlatan à la recherche de la célèbre Mandragore ? Ne dit-on pas que cette plante se développe sous les gibets dans la terre enrichie par la semence des condamnés ? Les vertus de la plante sont décuplées lorsque le supplicié n'est pas coupable. Alors, pensez-donc, trois innocents d'un coup, quelle récolte en perspective !!!

De la chapelle démolie vers 1850, il ne resterait qu'une pierre gravée portant la mention "Intellige Priusquam Discutas" ("Réfléchir avant de décider"). Il faut reconnaitre que cette maxime s'applique particulièrement à l'anecdote évoquée ci-dessus. Cependant, d'après une autre version, la pierre proviendrait de la demeure d'un riche négociant située Rue de Richebourg près de la chapelle.