Sur ce dernier point, il faut noter que le climat était au siècle dernier plus froid que maintenant, ainsi qu'en témoignent plusieurs notes d'Ecorchard refusant aux glaciers et aux restaurateurs de prélever de la glace sur les étangs du jardin afin que les patineurs puissent s'y livrer à leur sport favori.

L'hiver le plus rigoureux est sans conteste celui de 1879 - 1880. Ses dégâts ont été évoqués précédemment.

Le froid se manifeste encore en 1895 entraînant également la mort de nombreux sujets.

En 1915, le 30 Mars, c'est une averse de neige tardive qui sera à l'origine d'une série de cartes postales. Un peu plus tard, une autre tempête de neige provoque la chute du plus vieil arbre du jardin, le pin parasol datant de l'époque des Ursulines. Plus près de nous, les hivers de 1956, 1963, 1985 et 1986 touchent les collections arbustives mais les arbres sont dans l'ensemble épargnés.

Au chapitre des tempêtes, on note d'importants dégâts à la suite de "l'ouragan" du 12 Novembre 1895 et du "cyclone" d'Août 1898. Le 18 Juillet 1983, c'est un orage de grêle d'une violence inouie qui frappe le jardin. Si les écorces blessées se cicatrisent rapidement, les vitres des serres sont pulvérisées et les plantes de collection sont hâchées par les éclats de verre.

Enfin, dernière calamité météorologique peu fréquente sous notre climat atlantique, la sécheresse. En 1976, elle a entraîné le dépérissement de nombreux arbres. Par chance, les capacités d'approvisionnement en eau de la Ville de Nantes et les installations d'arrosage automatique ont permis de franchir sans restrictions ni dégâts majeurs cette période difficile.