Il faut attendre 1892 pour que diverses personnalités s'émeuvent de la dégradation consécutive au manque de moyens et d'encadrement. Le professeur Bureau qui enseigne la botanique au Museum d'Histoire Naturelle de Paris s'indigne notamment de l'état lamentable de l'Ecole de Botanique qui ne répond plus à sa fonction éducative. Il propose de nommer au poste de directeur Emile Gadeceau, botaniste réputé et par surcroIt d'origine nantaise. On lui oppose un autre candidat, Paul Marmy. Cet alsacien, nantais d'adoption, a la plume facile puisque sa lettre de candidature ne fait pas moins de 7 pages.

En préambule, le postulant après avoir recensé toutes les ramifications de la science horticole annonce "toutes les questions effleurées ci-dessus me sont familières et pendant mon passage à la Société d'Horticulture je les ai traitées tour à tour". Marmy énumère ensuite les diverses communications (phylloxera, insectologie, pomologie, obtention de nouvelles roses, etc ...) qu'il a faites devant les plus hautes instances de l'horticulture. Il précise qu'il a procédé à de nombreuses hybridations dans les genres les plus divers et que les "gains" qu'il a obtenus seront propres à valoriser l'éclat de l'horticulture locale. Il termine en mentionnant le parrainage dont il bénéficie dans le milieu horticole nantais.

Au terme de cette apologie longue et sans complexe, on peut malgré tout s'étonner qu'à aucun moment le candidat ne précise sa formation et ses diplômes. En dépit de ce curriculum-vitae incomplet, c'est Marmy qui est préféré à Gadeceau.

Dès le début 1893, le nouveau directeur prend ses fonctions avant même que sa nomination officielle soit effective ; c'est en effet le 28 Avril qu'il est embauché sous le titre d'Inspecteur des promenades, Directeur du Jardin des Plantes". La notion d'environnement commence à s'imposer à travers les promenades plantées et les jardins qui viennent embellir la ville.

Le premier soin du nouveau directeur est de faire un état des lieux au Jardin des Plantes afin d'établir un programme de restauration.

Après une première entrevue avec Rochais qui lui fait a priori bonne impression, Marmy établit peu après un rapport où il dénonce les carences du jardinier-chef. Le personnel est mal encadré, il manque de motivation, les larcins sont nombreux et le matériel disparaît d'autant plus facilement qu'il n'y a pas de livre de comptes.

La description du jardin n'est pas plus optimiste : l'Ecole de Botanique est à refaire, les collections sont de la plus extrême pauvreté, les plantes sont sales et malades, les serres sont délabrées, les pièces d'eau sont envasées, les arbres non entretenus demandent un élagage important, des plantations aussi intempestives qu'irraisonnées sont venues boucher les perspectives, les arbres trop serrés se développent mal, les cèdres censés représenter des espèces types ne sont que des hybrides mal caractérisés, etc ...

En ce qui concerne la décoration florale, la situation est pire encore : "les plantations de printemps ressemblent à un jardin de banlieue, les massifs ne sont pas respectés et doivent être entourés de fil de fer, le choix des plantes employées laisse à désirer, bégonias vulgaires, fuschias surannés, géraniums et pétunias de variétés démodées". La critique se teinte de patriotisme lorsque Marmy commente la mosa‹culture : "ce genre si lourd qui a pris naissance en Allemagne et qui fait ressembler nos massifs à des raviers de hors-d'oeuvres et de salade russe".

Rapidement, en moins d'un an, la reprise en main porte ses fruits: soins aux arbres, restauration des perspectives, introduction de plantes exotiques et d'orchidées.

Parallèlement à la restauration matérielle du Jardin, Marmy met en oeuvre les mesures propres à faire respecter le règlement : rappel à la discipline des gardiens, pose de ronces artificielles dans le labyrinthe, éviction des bandes de souteneurs et des filles publiques qui se réunissent dans la "montagne", contrôle par le service des petits commerces qui s'exercent au jardin (vente de boissons, location de chaises, charrette tirée par des chèvres, etc ...).

En ce qui concerne la botanique, Marmy réorganise la flore de l'Ouest selon la classification de Lloyd. Avec l'aide des frères Diard il fait reprendre les herborisations, il rétablit les contacts avec les autres jardins étrangers (les échanges étaient arrêtés depuis 1872) et prépare un catalogue pour 1895. Enfin, les productions florales passent de 40.000 à plus de 100.000 plantes.

Tous ces efforts sont payants puisque quelques mois plus tard Marmy peut annoncer au Maire : "les visiteurs reviennent nombreux dans ce jardin qu'ils avaient délaissé depuis de longues années".