Après de telles péripéties, on pourrait s'attendre à une période de calme de la part du Directeur du Jardin ; ce serait mal le connaître car pour mener à bien son projet, il lui reste un obstacle à surmonter, il faudrait dire à abattre : il s'agit de l'allée des tilleuls. Plantés en 1809, ils constituent une promenade ombragée mais leur implantation empêche le développement des modelés à l'anglaise prévus par Ecorchard.

A plusieurs reprises, la commission s'était émue des risques encourus par l'alignement mais à chaque fois Ecorchard s'était voulu rassurant. Pourtant, fin Novembre, avec une célérité ne se justifiant que par la recherche d'une situation irréversible, Ecorchard fait abattre les tilleuls à l'exception de 4 d'entre-eux situés au carrefour de l'allée des magnolias (les jeunes tilleuls situés actuellement au centre de l'allée de la musique marquent l'emplacement des "rescapés"). Ferdinand Favre qui a tant fait pour son directeur ne peut laisser passer une telle incartade. "je ne trouve pas d'expression assez forte pour blâmer cet acte ; je regrette d'avoir à vous exprimer mon mécontentement, d'autant que vous aviez donné à mon administration l'assurance que ces arbres seraient respectés." Faut-il croire au repentir et à la bonne foi d'Ecorchard lorsqu'il répond : "j'accepte avec respect et résignation le blâme que vous m'infligez, je n'avais rien vu dans les délibérations du Conseil Municipal qui me fit un devoir de laisser subsister les tilleuls, ni contraire à l'effet du dessin adopté".

Ayant fait en quelques phrases amende honorable, Ecochard s'estime quitte. Ce n'est pas suffisant cependant pour calmer les membres de la commission. "ces voies de fait et exécutions clandestines qu'aucun motif d'urgence ne justifiait doivent être sérieusement sanctionnées. La destruction non autorisée de l'allée des tilleuls est un malheur irréparable ; le Jardin des Plantes ne sera plus tenable aux jours plus chauds". Il n'en faut pas plus pour que les repentirs exprimés un mois plus tôt par Ecorchard laissent place à une argumentation spécieuse, voire ironique. "ils étaient gâtés au coeur, l'abattage leur a évité l'affront d'une vieillesse caduque; quatre tilleuls figurent au plan, quatre tilleuls subsistent et tellement aérés de toutes parts qu'on peut leur promettre une longue existence et qu'ils fournissent bien longtemps assez de fleurs pour calmer les nerfs excités des défenseurs des tilleuls défunts".

Réfutant la compétence de ceux qui l'attaquent sur l'ensemble des travaux, Ecorchard cite un proverbe latin "ne sutur crepidam", ce qui peut se traduire approximativement par "que le cordonnier ne s'avise pas de critiquer autre chose que des bottes".